中共和平佔領新疆後，該地區形勢依然很複雜。新疆舊有的地方勢力“趕走漢人”、建立“東突厥斯坦共和國”的分裂思想一直陰魂不散，這種政治思潮在新疆局部地區影響很深，他們通過各種手段進行分裂破壞活動。當時的分裂勢力主要有三股：
      一是阿不都拉大毛拉在伊犁的叛亂。阿不都拉大毛拉勢力發展很快，到1950年上半年，已發展到8個小組共計1500人，他們積極策劃暴亂，散布獨立的謠言、標語及傳單，試圖建立“東突厥斯坦共和國”。
      二是烏斯滿及其追隨者的暴亂。大地主烏斯滿及其親信主要活動在新疆東部的山區和牧區，先後在昌吉、奇台、哈密、迪化以及甘肅、新疆、青海三省交界處發動武裝暴亂，並裹脅成千上萬的牧民跟隨其暴亂。
      三是伊敏的分裂勢力。伊敏長期流亡國外，1946年被國民政府委派回新疆，出任新疆聯合省政府委員兼建設廳廳長。他利用合法身份在南疆和田等地公開宣傳和鼓動分裂思想，並組織武裝策劃了多起叛亂活動。
      在這種複雜的形勢下，毛澤東為新疆的穩定傾注了大量心血。他電令起義的陶峙岳和包爾漢要“維護好民族團結和地方秩序，與解放軍合作，廢除舊制度，實行新制度。”以鞏固來之不易的和平成果。
      另一方面，毛澤東邀請新疆地方革命領導人、新疆保衛和平民主同盟主席賽福鼎參加政治協商會議，以爭取得到新疆民眾最廣泛的支持。在新疆新政府成立時，毛澤東製定了少數民族當家作主的原則，他致電西北局第一書記彭德懷：“政府改組，包爾漢仍應為主席。委員應是漢人佔少數，維族及其他民族佔多數”，並將具體比例定為2比3。
      除以上措施外，為了徹底消滅新疆的頑固勢力，毛澤東還布置了最為關鍵的一步棋，就是選派第一野戰軍第一兵團司令員兼政委王震坐鎮新疆平叛。毛澤東是怎樣選中王震的呢？
      新疆靠近蘇聯、蒙古和中亞戰略要地，國防地位極其重要。新疆問題能否解決好，關乎到中國是否能擁有一個長久穩固的大後方。
      1949年10月，毛澤東把彭德懷和王震請到北京，談到了新疆問題：“咱們那位老鄉左文襄公(左宗棠)說‘若新疆不固，則蒙部不安，匪特陝甘山西各邊時慮侵軼，防不勝防，即直北關山，亦無晏眠之日。’這話是有道理的，對於新疆問題，應該引起我們的特別重視。”
      然後，毛澤東將新疆平叛的任務交給王震，任命他為中共中央新疆分局書記，新疆軍區第一副司令員。毛澤東說：“左宗棠曾留下了兩句詩：‘新栽楊柳三千行，引得春風度玉關’，王震同志，我希望你到新疆後，能夠超過左文襄公。對叛亂分子堅決打擊，絕不姑息，‘嚴懲首惡，寬待士兵’，掌控大局。”
      毛澤東選中王震坐鎮新疆，首先是因為他一直在西北作戰，對西北的地理和戰事非常熟悉。而且他帶出的部隊有韌勁，很頑強。最突出的是1944年冬，王震率4000人自延安出發，渡黃河，越長江、突破國軍的重重圍堵，到達湘粵邊界開闢新區。此行歷時兩年，行程27000余里，經歷大小戰鬥300余次，開創了共軍戰史上的一個奇跡，此舉被毛澤東盛讚為共軍的第二次長征。
      王震外號“王鬍子”，性格火爆，雷厲風行，素以驍勇善戰、作風強硬著稱。他到新疆後，以三個軍的兵力消滅了策劃叛亂的分裂勢力，對頑固分子格殺勿論。
      他除了領導剿匪工作外，還指揮部隊屯墾戍邊、興修水利、發展工業、土地改革等，迅速穩定了新疆的社會秩序。
      事實證明，王震的強硬措施在當時確實起到極大的威懾作用。王震平叛後，新疆維持了50年的和平，沒有發生任何叛亂。文：許萬興