1938年，國民政府軍事委員會副委員長馮玉祥隨南京政府西遷到陪都重慶。1940年，為了學習中國歷史，馮玉祥請了著名的歷史學家翦伯贊教授為其講歷史課。
      當時，翦伯贊剛辭去了已南遷的北平民國大學教授，來到重慶，任“中蘇文化協會”總會理事兼《中蘇文化》副主編，同時擔任馮玉祥的《中國通史》教師，並經常到陶行知的“育才學校”授課。他還在周恩來的直接領導下，在上層政治領域和文化教育界，做了大量統戰工作。
      抗戰8年，是翦伯贊一生史學研究的黃金時期。在此期間，他出版了《歷史哲學教程》、《史料與史學》、兩冊《中國史論集》和《中國史綱》的“先秦卷”和“秦漢卷”等名著。
      翦伯贊給馮玉祥講課時，總是廣征博引，妙趣橫生，且能以古喻今，深入淺出，很受馮玉祥的歡迎。馮玉祥聽得入了迷，讓他的隨從人員也都來聽。
      有一天，蔣介石到了馮玉祥的住處，看見客廳內聚集了不少人，一直提防馮玉祥的蔣介石很敏感，以為馮玉祥在開什麼“黑會”，頓露不悅之色。
      看到蔣介石不期而至，馮玉祥連忙站起來對蔣介石說，“今天是我請翦伯贊教授給我們講歷史課。”說便拉著翦伯贊的手，將之介紹給蔣介石。蔣見此情，連聲說：“好，好，好，你繼續講，今天我也是來聽你講課的。”
      誰知翦伯贊卻慢吞吞地說：“對不起，現在已經到了下課時間。”在座的人聽了這話，紛紛夾筆記本走出了客廳。蔣介石碰了一鼻子灰，十分尷尬。
      上世紀40年代，面對國民黨的刀叢箭簇，翦伯贊說：“暴力對於學術是沒有用的，真正的學術，決不會服從刀劍的指揮，更不會變成政治的婢女。”又說：“不管時代如何苦難，我總是走自己的路。”翦伯贊治學嚴謹，造詣很深，至今仍為史學界所推崇。他與郭沫若、范文瀾、呂振羽、侯外廬一道，被尊為馬列主義新史學“五名家”。
      同為史學名家的侯外廬對翦伯贊的辭章讚不絕口，在回憶錄中說到：伯贊的口才和文才都很不凡。伯贊的文章以優美瀟灑見稱於世。那文采，最反映他的風格。他獻給讀者的歷史著作，篇篇讀來都能朗朗上口。
      連以自負著稱的大詩人柳亞子也感慨地稱讚翦伯贊：“翦生才調太遮奢？問是文家是質家？”
      中共建政後，翦伯贊被任命為中央人民政府政務院文化教育委員會委員和中央民族事務委員會委員。起初任燕京大學社會學系教授。1952年全國高校院系調整後，翦伯贊轉到北京大學，任歷史學系教授兼系主任長達16年，任北大副校長6年。
      上世紀50年代初，毛澤東號召青年要做到三好：身體好、學習好、工作好。北京大學校長馬寅初就多次向學生介紹自己鍛煉身體的經驗：爬山和淋浴。馬寅初每天下午驅車到頤和園萬壽山腳下，然後攀爬至佛香閣；每天淋浴時變換水溫，由熱至涼、再轉熱。
      馬寅初後來還將這健身的經驗寫成文字，送到北大學報編輯部。當時學報主編翦伯贊卻婉拒了這篇稿子，說北大學報是要同外國著名大學交換的，這稿學術性不太夠，發表後影響不大好。馬寅初聽罷只得作罷，還自言自語地說了兩句：“毛主席講實踐是檢驗真理的標準，我這些都是自己實踐得來的，怎麼不是學術？”
      一個學報主編敢拒絕校長的稿子，而校長竟然也不以為忤，一時傳為學界美談。
      翦伯贊的學者風骨可見一斑。
     “文革”開始後，翦伯贊就被扣上“反動學術權威”的帽子，備受肉體摧殘和人格凌辱。1968年12月18日夜，翦伯贊與妻子吃下了大量安眠藥，自殺身亡。時年70歲。