所謂科甲朋黨，是指科舉出身的官員們拉幫結派，互相袒護，儼然成黨。其中最為典型的做法就是投拜門生，即和前輩拉關係以及和同榜進士拉關係。
      在康熙晚年，由於他推行寬仁政策，對讀書人採取了尊重、優待的政策，科舉官員之間互相結交、徇私瞻顧的現象日益嚴重，給國家的長治久安埋下了隱患。雍正帝在目睹這種世風，大膽指出：“朋黨之禍，最為無恥。”
      科舉制下的師生關係，是比較特殊的一種師生關係。應試考生被哪個主考官錄取，即為哪個主考官的門生。如此一來，鄉試就有鄉試的老師和門生，會試也有會試的老師和門生。
      主考官閱卷時，因考卷都採用封帖，閱卷時看不到人名，所以主考官並不知每卷考生都有誰。成績公布後，所選中的考生都註明何處取中，如禮部考試及第，便以主考官房號註明如“禮部一房”﹑“禮部二房”﹐這時老師和門生才得以相認。考試之後﹐被取中的考生需要到閱卷的主考官那兒拜門生﹐認老師﹐懷有感恩之意﹐歷科積習成風﹐由此演化出很多歪風邪氣﹐至明清尤甚。但凡主考官﹐無不希望將來能得門生幫扶﹔而幾乎所有門生﹐也都希望能通過老師在科場中買通關節﹐以科舉得中。雍正帝在即位前﹐就對科舉制度下的結黨之風感到不滿﹐下決心要清除這種陋習。
      雍正三年（1725年）六月﹐長蘆巡鹽史莽鵠立上奏折﹐請禁止官員投拜門生。他說﹕“臣見鑽營附勢之徒﹐廣通聲氣﹐投拜門生﹐未中者遇科場則求關節﹐已仕者遇計典則圖薦舉﹐且有素不相睦﹐一拜師生﹐遂成膠漆﹐求分說情﹐每至以直為曲﹐偏徇庇護。罔顧法紀……有無厭之輩﹐一遇門生陞授外職﹐老師﹑世兄以及同年故舊﹐或親行探望﹐或差人索取﹐名曰?珖抽豐?玼。在門生情不能卻﹐送往迎來﹐周旋應接﹐非剝削民脂﹐即挪移正項﹐窮員虧空﹐從此漸多﹐倘稍為拒卻﹐人皆鄙笑﹐指為刻薄寡情。”
      在這裏﹐莽鵠立指出﹐官員挪移虧空的一個重要原因是為應付打“秋風”（指古時候假借名義向別人索取錢財）﹐這就和雍正帝的整頓吏治聯繫起來了。
      雍正帝本來就很痛恨科甲朋黨﹐現在莽鵠立又說出了充分的理由﹐心裏自然很高興﹐為此硃批道﹕“師生黨比之風﹐朕所深惡﹐此奏甚屬得理﹐與朕意合。”他立即下令﹐命九卿會議﹐採納莽鵠立的建議﹐禁止內外官員投拜門生與打秋風。自此﹐雍正帝拉開了整頓科甲朋黨的序幕。
      雍正帝懲治科甲朋黨還有另外一個原因﹐即他非常厭惡沽名釣譽之輩﹐楊名時因貪圖名聲﹐雍正帝就罰他自掏腰包疏浚河道。
      雍正帝指責楊名時“性喜沽名釣譽﹐而苟且因循﹐置國家之事於度外”。
      浙江道監察御史謝濟世在參劾河南巡撫田文鏡之後﹐雍正帝隨即就指出謝濟世參劾的目的是﹕“不過欲使天下督撫因循苟且﹐庸碌偷安﹐邀眾人之虛譽﹐保一己身家﹐而不為國家實心效力。”由此可見﹐雍正帝之所以懲治他們﹐是因為他們不務實政﹐不辦實事﹐只知因循守舊﹐只看重一己的名利。
      在打擊科甲朋黨一事上﹐雍正帝下了大力氣﹐在他生前﹐這個舉措收到了很好的成效。